Simon Mirakaj lindi më 1 qershor 1944 në Shkodër, në një familje të prekur thellë nga përndjekjet e regjimit komunist. Babai i tij u arratis nga regjimi, ndërsa pjesëtarë të tjerë të familjes u pushkatuan për rezistencën ndaj komunizmit. Vetë Simoni kaloi 44 vite në internim, duke u rritur në kushte të vështira dhe duke përjetuar dhimbjet dhe humbjet e komunitetit të tij. Familja e tij u zhvendos fillimisht në kalanë e Beratit, më pas në kampin e Turanit dhe më vonë në Tepelenë, ku Simoni jetoi deri në moshën 8 vjeçare. Gjatë këtyre viteve të internimit, ai përjetoi humbjen e shumë fëmijëve për shkak të mungesës së ushqimit dhe kushteve të rënda higjienike.
Pas lirimit të familjes nga internimi në vitin 1989, Simoni kreu studimet në Universitetin e Tiranës, në Fakultetin Juridik, dhe më pas përfundoi Akademinë e Rendit Publik. Ai shërbeu si inspektor i Arkivit të Ministrisë së Brendshme me gradën Major, dhe më vonë u emërua Drejtor i Përgjithshëm i Institutit të Ish të Përndjekurve Politikë, nga viti 2002 deri në nëntor të vitit 2013.
Në vitin 2016, Simoni u përzgjodh anëtar i Autoritetit për Hapjen e Dosjeve të ish-Sigurimit të Shtetit (AIDSSH), një rol që e ka bërë pjesë të përkushtimit të tij për transparencën dhe ruajtjen e kujtesës historike. Ai është angazhuar në administrimin e mbi 32 milion faqe dokumentesh që pasqyrojnë periudhën 1944–1991 dhe historitë e personave të përndjekur nga regjimi komunist.
Simoni Mirakaj ka qenë gjithashtu pjesë e debateve publike mbi historinë e kampeve të internimit, duke sjellë përvojën e tij personale si një dëshmitar i atyre kohëve. Ai ka theksuar rëndësinë e njohjes së të kaluarës për të ndërtuar një shoqëri të drejtë dhe të informuar.
Për kontributin e tij në ruajtjen e kujtesës historike dhe për shërbimin e tij publik, Simon Mirakaj është dekoruar me titullin “Kalorës i Urdhrit të Skënderbeut” nga ish-Presidenti i Republikës së Shqipërisë, Bujar Nishani.
